تأسس نادي المقاصة عام 1988 في محافظة الفيوم باسم نادي هويدي، بهدف تمثيل الصعيد في الدوري الممتاز، قبل أن يتغير اسمه إلى نادي الفراعنة موسم 2006-2007، ثم إلى مصر للمقاصة بعد رعاية شركة مصر للمقاصة، قبل العودة لاحقًا لمسمى هويدي الفيوم عام 2021.
بدأ الفريق مشواره في الدرجات الأدنى حتى صعد للدوري الممتاز موسم 2009-2010 بعد تصدر مجموعة الصعيد، ليظهر لأول مرة بين الكبار. واعتمد النادي في بدايته على لاعبين من الفيوم وبني سويف، واتخذ استاد الفيوم ملعبًا رئيسيًا.
حقق النادي أبرز إنجازاته بالحصول على وصافة الدوري المصري موسم 2016-2017 والتأهل لدوري أبطال أفريقيا لأول مرة، ليصبح أحد أبرز أندية الصعيد التي نجحت في ترك بصمة واضحة بالدوري الممتاز.